Fırat ve Dicle nehirlerinin sulama ve enerji üretimi için değerlendirilmesi, düzensiz akışı olan bu iki nehrin sularının dizginlenmesi amacıyla Fırat ve Dicle havzalarına ilişkin olarak 1960'larda başlayan etüd ve planlama çalışmaları 1977 yılında "Güneydoğu Anadolu Projesi" olarak adlandırılmaya başlanmıştır.

Bölgenin zengin toprak ve su kaynaklarından yararlanmak amacıyla önce kendi içinde bir enerji ve sulama projesi olarak başlayan GAP, 1989 yılında tamamlanan "GAP Master Plan" çalışması ile entegre bir bölgesel kalkınma projesine dönüştürülmüştür. GAP Master Planı, bölge gelişmesinin izlemesi gereken seyir ve alt ölçeklerde üretilecek plan, program ve projelerle bir rehber niteliği taşımaktadır. GAP Master Planı'nda yer alan temel kalkınma senaryosu, bölgenin tarıma dayalı sanayi merkezi haline getirilmesidir.

Bugün GAP, insan odaklı, sürdürülebilir insani gelişmeyi temel hedef alan bir anlayışla yürütülen bir bölgesel kalkınma projesidir. GAP kalkınması bölge halkı için, tercih ve ekonomik potansiyellerini eksiksiz bir biçimde hayata geçirme olanakları yaratmayı amaçlamaktadır.

GAP'ın entegre bölgesel planlama çerçevesinde yürütülmesi, koordinasyon sağlanması ve yönlendirilmesi görevi Kasım 1989'da kurulmuş bulunan, Başbakanlığa bağlı GAP Bölge Kalkınma İdaresi Teşkilatına verilmiştir. Teşkilatın karar organı Başbakan başkanlığında GAP'tan sorumlu Devlet Bakanı, DPT'nin bağlı bulunduğu Devlet Bakanı ile Bayındırlık ve İskan Bakanlığından oluşan GAP Yüksek Kurulu'dur. GAP İdaresi, Başkanlık Ankara'da ve Bölge Müdürlüğü Şanlıurfa'da olmak üzere örgütlenmiştir.